FMODB: The database of quantum mechanical data based on the FMO method
Last updated: 2024-04-05
All entries: 36946
Number of unique PDB entries: 7781
Manual
01 Search
検索ページからIFIEデータを検索できます。現在、PDB ID Search,Keyword Search,Blast Searchの3種類の検索方法があります。
Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction
BaseStructureをX-ray、NMR、MDから選択できます。
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ID Search
PDB IDを使用して検索します。
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検索例:「1ERE」
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Keyword Search
キーワードを使用して検索します。
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検索例:「DIETHYLSTILBESTROL」「Estrogen receptor alpha」
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Blast Search
配列を使用して相同性検索をします。
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検索例:「PTFYRQELNKTIWEVPERYQNLSPVGSGAYGSVCAAFDTKTGLRVAVKKLSRPFQSIIHAKRTYRELRLLKHMKHENVIGLLDVFTPARSLEEFNDVYLVTHLMGADLNNIVKCQKLTDDHVQFLIYQILRGLKYIHSADIIHRDLKPSNLAVNEDCELKILDFGLARHTDDEMTGYVATRWYRAPEIMLNWMHYNQTVDIWSVGCIMAELLTGRTLFPGTDHIDQLKLILRLVGTPGAELLKKISSESARNYIQSLTQMPKMNFANVFIGANPLAVDLLEKMLVLDSDKRITAAQALAHAYFAQYHDPDDEPVADPYDQSFESRDLLIDEWKSLTYDEVISFVPP」
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E-Value-Cutoff
Blast SearchのCutoff値を指定できます。
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検索例:「E-144」
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Ligand Structure Search
描画した分子構造から取得したCanonical SMILESを使用してLigandの構造検索を行います．
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検索例: "Smiles:c1ccc2ccccc2c1"
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Method
Ligandの構造検索の方法を指定できます．
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検索例:「Substructure」
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Methodの種類
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| Method |
説明 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
|---|---|
| Substructure |
描画した構造を部分構造として持つLigandを登録データから検索します。 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
| Similarity (MACCS 166 keys) |
描画した構造を使い，登録されているLigandとのMACCS Key(166bit) による類似度検索を行います． Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
| AsIs |
描画した構造と完全一致するLigandを登録データから検索します。 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
02 Result
検索を実行すると検索結果が表示されます。該当のFMODB IDをクリックすると詳細データが閲覧できます。
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フィールド付きのページを表示
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各フィールドの機能
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Criteria
検索方法と検索に使用したIDやキーワード、Base Structure等を表示します。
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Download
Downloadしたいファイルの種類を選択してからDownloadをクリックするとDownloadできます。
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Summary for all items以外の場合はチェックしたFMODB IDのみDownloadします。
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ダウンロード可能なファイル
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名前 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
説明 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
|---|---|
| Summary for all items |
全ての結果について、Resultsフィールドの出力をcsvファイルにして保存します。 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
| Summary for checked items |
チェックをつけた結果のみについて、Resultsフィールドの出力をcsvファイルにして保存します。 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
| Calculation Data |
チェックをつけた結果について、logファイルやpdbファイル、出力などの計算ファイルをzipで保存します。(一度に最大10個まで) Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
| CheckPoint File |
チェックをつけた結果について、FMO計算のチェックポイントファイルをcpf形式で保存します。(一度に最大10個まで) Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
Sort
Sortを実行するには，並び替え方法を選択した後に「Sort Results」をクリックします。
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FMODB IDを選択して「Display only checked items」にチェックを入れてSortすると、選択したFMODB IDのみを表示できます。
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Results
検索にヒットしたデータを表示します。FMODBIDをクリックすると詳細ページが表示されます。
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Ligand binding energyとGraphの要素
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名前 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
説明 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
|---|---|
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IFIE SUM |
ES,EX,CT+mix,DI(MP2),q(I=>J)の合計値 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
|
ES |
静電相互作用エネルギー Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
|
EX |
交換反発エネルギー Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
|
CT+mix |
電荷移動相互作用エネルギー Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
|
DI(MP2) |
分散エネルギー Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
|
q(I=>J) |
フラグメントIからJへの電荷移動量（マリケン電荷[au]） Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
|
PDBID-Chain |
検索にヒットしたPDB IDとChainの組み合わせ。 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
Jumpボタン
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「TOP」ボタンをクリックするとページ上部に、「Graph」ボタンをクリックするとページ下部のGraphの近くまでスクロールします。
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ページ下部にはSummation of PIEDAとIFIE Total、FMO2_MP2:Total_energyのグラフが表示されます。
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「Replot Graph」で表示するPIEDA成分(ES,EX,CT+mix,DI(MP2))を絞り込むことができます。
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03 Detail
検索結果のPDB ID-Chainをクリックすると詳細データが閲覧できます。
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ページ右上部の複合体構造の図は移動と拡大縮小が可能で、マウスを乗せると残基名や距離、DI値を表示します。
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PDBファイル、CheckPointファイル、計算データ、IFIEデータがダウンロード可能です。
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ページ下部にはリガンドと各FragmentとのPIEDAのグラフ、絞り込みボックス、IFIEデータテーブルが表示されます。
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PIEDAとIFIEのフィルタリングオプション
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オプション Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
オプション Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
|---|---|
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Base fragment(s) of PIEDA/IFIE |
PIEDAとIFIEデータを計算する際にベースとなるフラグメントを指定します。デフォルトはLigandです。 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
|
Distance from Ligand [Å] |
リガンドからの距離で表示する残基を絞り込みます。 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
|
Interaction energy by IFIE and PIEDA [kcal/mol] |
TotalやESなどの絶対値で表示する残基を絞り込みます。 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
|
Fragment charge [e] |
Fragment chargeに関する値で表示する残基を絞り込みます。 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
|
Residue |
残基番号か残基名で表示する残基を絞り込みます。カンマ区切りで複数指定できます。 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
|
Sort |
選択した項目で降順に並び替えます。 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
|
Graph Options |
グラフのY軸の最大値と最小値を設定したり、表示するPIEDA成分(ES,EX,CT+mix,DI(MP2))を選択できます。 Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction |
04 IFIE Interaction Map
詳細ページからIFIE Interaction Mapに移動して、フラグメント同士の相互作用を見ることができます。
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X軸がfragmentI、Y軸がfragmentJで、Mapにマウスを乗せると値が表示されます。
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Mapの赤色は斥力（マイナスの値）を、青は引力（プラスの値）を表しています。
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Value
表示する値を下記から選択できます。
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・HF
・MP2 -> Default
・SCS MP2
・DI (MP2)
・DI (SCS MP2)
Color
表示する値の範囲を指定できます。
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Zoom
表示するフラグメントの範囲を指定できます。
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05 Download
ヘッダーの「Download」のリンクをクリックすると複数ファイルのダウンロード用のページを閲覧できます。
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FMODB IDをカンマか半角スペースで区切って入力し，ダウンロードしたいファイルを選択してSubmitします。
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入力例:「5P4NP,XQ8VY XR199」
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Reference
【FMO法関連】
Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction
1. Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Fragment Molecular Orbital Method: an Approximate Computational Method for Large Molecules. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701-706.
2. Fedorov, D. G.; Kitaura, K., The Fragment Molecular Orbital Method: PRACTICAL APPLICATION TO LARGE MOLECULAR SYSTEM, CRC Press, (2009).
3.Tanaka, S.; Mochizuki, Y.; Komeiji, Y.; Okiyama, Y.; Fukuzawa, K. Electron-correlated Fragment-molecular-orbital Calculations for Biomolecular and Nano Systems. Phys. Chem. Chem. Phys. 2014, 16, 10310-10344.
【PIEDA関連】
Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction
4. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Pair interaction energy decomposition analysis. J. Comp. Chem. 2007, 28, 222-237.
5. Tsukamoto, T.; Kato, K.; Kato, A.; Nakano, T.; Mochizuki, Y.; Fukuzawa, K. Implementation of Pair Interaction Energy Decomposition Analysis and its Applications to Protein-Ligand Systems. J. Comput. Chem. Jpn. 2015, 14, 1-9.
【ABINIT-MP/BioStation Viewer関連】
Under Construction Under Construction Under Construction Under Construction
6. ABINIT-MP/BioStation Viewer, http://www.ciss.iis.u-tokyo.ac.jp/riss/dl/download/index.php
7. MIZUHO/BioStation, https://www.mizuho-ir.co.jp/solution/research/life/macromolecule/biostation/index.html