FMO DATABASE

FMODB ID: KKGZ3

Calculation Name: 4JPB-B-Xray540

Preferred Name:

Target Type:

Ligand Name:

Ligand 3-letter code:

Ligand of Interest (LOI):

PDB ID: 4JPB

Chain ID: B

ChEMBL ID:

UniProt ID: Q56310

Base Structure: X-ray

Registration Date: 2025-07-14

Reference: C. Watanabe, N. Tani, K. Kamisaka, T. Honma et al., Interaction energy analysis of Apo structure dataset on FMODB, To be published.

DOI:

Apendix: None

IFIE MAP

IFIE Diagram

Modeling method

Optimization	MOE:Amber10:EHT
Restraint	OptAll
Protonation	MOE:Protonate 3D
Complement	MOE:Structure Preparation
Water	No
Procedure	Auto-FMO protocol ver. 2.20220422

FMO calculation

FMO method	FMO2-MP2/6-31G(d)
Fragmentation	Auto
Number of fragment	164
LigandResidueName
LigandFragmentNumber	0
LigandCharge
Software	ABINIT-MP - Open Ver. 1 Rev. 23Q2 / 20200603(SMP)

Total energy (hartree)

FMO2-HF: Electronic energy	-362224.252735
FMO2-HF: Nuclear repulsion	329430.282878
FMO2-HF: Total energy	-32793.969857
FMO2-MP2: Total energy	-32889.121032

3D Structure

Snapshot

Ligand structure

Ligand Interaction

Ligand binding energy

IFIE [kcal/mol]	PIEDA [kcal/mol]				Charge transfer value [e]
IFIE SUMIFIE SUM at MP2 level.	ESElectro static interaction energy.	EXExchange-repulsion energy.	CT+mixCharge transfer and mixing terms energy.	DI(MP2)Dispersion energy.	q(I=>J)Charge transfer value from I to J fragments.
N/A	N/A	N/A	N/A	N/A	N/A

Interactive mode: IFIE and PIEDA for fragment #1(B:108:GLN)

Summations of interaction energy for fragment #1(B:108:GLN)

IFIE [kcal/mol]	PIEDA [kcal/mol]				Charge transfer value [e]
IFIE SUMIFIE SUM at MP2 level.	ESElectro static interaction energy.	EXExchange-repulsion energy.	CT+mixCharge transfer and mixing terms energy.	DI(MP2)Dispersion energy.	q(I=>J)Charge transfer value from I to J fragments.
-6.942	-4.713	0.047	-0.901	-1.375	0.002

Interaction energy analysis for fragmet #1(B:108:GLN)

Snapshot

IFIE Diagram

Base fragment(s) of PIEDA/IFIE

Single fragment	Multi fragments
	Fragment list

Charge [e] FCHARGE : 0 / q_Mulliken : 0.199 / q_NPA : 0.034

Distance from base fragment(s) [Å]

Dist

Interaction energy by IFIE and PIEDA
[kcal/mol]

| Total | > | ES | > | EX | >
| CT+mix | > | DI(MP2) | >

Fragment charge [e]

FCHARGE q_Mulliken
q_NPA q(I=>J)

Residue

Res # RES

Sort

Graph Options

X Axis Label
Y Axis Max Y Axis Min
Display ES EX CT+mix DI(MP2)

frag_NumFragment number.	ChainChain species.	Res #Residue number.	RES3-letter code of amino acid residue, ligand and solvent molecule.	FCHARGEFormal charge [e].	q_MullikenFragment charge evaluated by Mulliken charge [e].	q_NPAFragment charge evaluated by natural population analysis(NPA) charge [e].	DISTDistance from Ligand [Å].	TotalIFIE at MP2 level [kcal/mol].	ESElectro static interaction energy by PIEDA [kcal/mol].	EXExchange-repulsion energy by PIEDA [kcal/mol].	CT+mixCharge transfer and mixing terms energy by PIEDA [kcal/mol].	DI(MP2)Dispersion energy by PIEDA [kcal/mol].	q(I=>J)Charge transfer value from I to J fragmens [e].
4	B	109	ILE	0	-0.047	0.134	4.125	-0.202	0.217	0.002	-0.180	-0.241	0.000
5	B	110	GLY	0	0.008	-0.113	3.200	-2.799	-1.353	0.041	-0.779	-0.708	0.002
6	B	111	GLU	0	0.121	0.018	3.590	0.791	0.997	0.003	-0.033	-0.176	0.000
7	B	111	GLU	-1	-0.929	-0.805	3.423	-7.484	-7.534	0.004	0.186	-0.139	0.000
8	B	112	THR	0	0.023	-0.099	4.505	0.506	0.625	-0.002	-0.052	-0.065	0.000
9	B	112	THR	0	-0.063	0.066	4.298	0.428	0.517	-0.001	-0.043	-0.046	0.000
10	B	113	LEU	0	0.087	-0.090	6.464	0.244	0.244	0.000	0.000	0.000	0.000
11	B	113	LEU	0	-0.074	0.097	7.597	0.076	0.076	0.000	0.000	0.000	0.000
12	B	114	GLU	0	0.088	-0.099	8.206	0.196	0.196	0.000	0.000	0.000	0.000
13	B	114	GLU	-1	-0.859	-0.746	9.022	-0.347	-0.347	0.000	0.000	0.000	0.000
14	B	115	ASN	0	0.076	-0.082	9.024	0.216	0.216	0.000	0.000	0.000	0.000
15	B	115	ASN	0	-0.123	0.064	7.690	0.319	0.319	0.000	0.000	0.000	0.000
16	B	116	ILE	0	0.117	-0.081	10.665	0.083	0.083	0.000	0.000	0.000	0.000
17	B	116	ILE	0	-0.072	0.105	10.325	0.026	0.026	0.000	0.000	0.000	0.000
18	B	117	ARG	0	0.143	-0.086	12.543	0.062	0.062	0.000	0.000	0.000	0.000
19	B	117	ARG	1	0.714	0.968	12.052	0.212	0.212	0.000	0.000	0.000	0.000
20	B	118	SER	0	-0.004	-0.115	13.627	0.110	0.110	0.000	0.000	0.000	0.000
21	B	118	SER	0	-0.072	0.066	13.091	-0.008	-0.008	0.000	0.000	0.000	0.000
22	B	119	ILE	0	0.068	-0.091	14.910	0.050	0.050	0.000	0.000	0.000	0.000
23	B	119	ILE	0	-0.082	0.106	13.869	0.005	0.005	0.000	0.000	0.000	0.000
24	B	120	GLU	0	0.074	-0.136	16.764	0.030	0.030	0.000	0.000	0.000	0.000
25	B	120	GLU	-1	-0.983	-0.834	16.699	-0.114	-0.114	0.000	0.000	0.000	0.000
26	B	121	LYS	0	0.093	-0.094	18.244	0.045	0.045	0.000	0.000	0.000	0.000
27	B	121	LYS	1	0.855	1.068	18.521	0.283	0.283	0.000	0.000	0.000	0.000
28	B	122	LEU	0	0.029	-0.135	19.335	0.042	0.042	0.000	0.000	0.000	0.000
29	B	122	LEU	0	-0.079	0.115	17.787	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
30	B	123	ILE	0	0.109	-0.085	20.967	0.017	0.017	0.000	0.000	0.000	0.000
31	B	123	ILE	0	-0.054	0.119	21.119	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
32	B	124	GLN	0	0.089	-0.127	22.741	0.022	0.022	0.000	0.000	0.000	0.000
33	B	124	GLN	0	-0.071	0.104	22.988	0.006	0.006	0.000	0.000	0.000	0.000
34	B	125	ASN	0	0.059	-0.071	23.982	0.024	0.024	0.000	0.000	0.000	0.000
35	B	125	ASN	0	-0.079	0.081	24.101	0.014	0.014	0.000	0.000	0.000	0.000
36	B	126	ILE	0	0.078	-0.102	25.263	0.015	0.015	0.000	0.000	0.000	0.000
37	B	126	ILE	0	-0.076	0.103	23.925	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
38	B	127	MET	0	0.098	-0.107	27.080	0.008	0.008	0.000	0.000	0.000	0.000
39	B	127	MET	0	-0.089	0.105	25.843	0.006	0.006	0.000	0.000	0.000	0.000
40	B	128	ARG	0	0.073	-0.078	28.827	0.015	0.015	0.000	0.000	0.000	0.000
41	B	128	ARG	1	0.812	1.035	25.808	0.157	0.157	0.000	0.000	0.000	0.000
42	B	129	ILE	0	0.143	-0.067	29.991	0.015	0.015	0.000	0.000	0.000	0.000
43	B	129	ILE	0	-0.072	0.106	28.262	-0.002	-0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
44	B	130	ALA	0	0.131	-0.082	31.267	0.007	0.007	0.000	0.000	0.000	0.000
45	B	130	ALA	0	-0.079	0.113	31.546	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
46	B	131	ARG	0	0.115	-0.073	33.128	0.007	0.007	0.000	0.000	0.000	0.000
47	B	131	ARG	1	0.831	1.046	34.027	0.083	0.083	0.000	0.000	0.000	0.000
48	B	132	GLU	0	0.044	-0.136	34.746	0.011	0.011	0.000	0.000	0.000	0.000
49	B	132	GLU	-1	-1.017	-0.859	33.762	-0.117	-0.117	0.000	0.000	0.000	0.000
50	B	133	THR	0	0.028	-0.094	35.681	0.007	0.007	0.000	0.000	0.000	0.000
51	B	133	THR	0	-0.069	0.055	34.806	-0.003	-0.003	0.000	0.000	0.000	0.000
52	B	134	ASN	0	0.137	-0.041	37.304	0.003	0.003	0.000	0.000	0.000	0.000
53	B	134	ASN	0	-0.134	0.055	37.982	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
54	B	135	ILE	0	0.056	-0.098	39.268	0.005	0.005	0.000	0.000	0.000	0.000
55	B	135	ILE	0	-0.111	0.080	38.696	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
56	B	136	LEU	0	0.123	-0.089	40.376	0.007	0.007	0.000	0.000	0.000	0.000
57	B	136	LEU	0	-0.096	0.108	39.779	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
58	B	137	ALA	0	0.117	-0.099	41.472	0.003	0.003	0.000	0.000	0.000	0.000
59	B	137	ALA	0	-0.064	0.117	41.549	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
60	B	138	LEU	0	0.062	-0.092	43.245	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
61	B	138	LEU	0	-0.079	0.100	43.247	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
62	B	139	ASN	0	0.061	-0.093	45.087	0.005	0.005	0.000	0.000	0.000	0.000
63	B	139	ASN	0	-0.095	0.065	44.735	-0.003	-0.003	0.000	0.000	0.000	0.000
64	B	140	ALA	0	0.150	-0.088	45.865	0.004	0.004	0.000	0.000	0.000	0.000
65	B	140	ALA	0	-0.077	0.115	45.630	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
66	B	141	THR	0	0.029	-0.093	47.448	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
67	B	141	THR	0	-0.075	0.054	46.989	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
68	B	142	ILE	0	0.075	-0.078	49.382	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
69	B	142	ILE	0	-0.110	0.075	49.448	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
70	B	143	GLU	0	0.061	-0.108	50.572	0.004	0.004	0.000	0.000	0.000	0.000
71	B	143	GLU	-1	-0.897	-0.768	50.172	-0.059	-0.059	0.000	0.000	0.000	0.000
72	B	144	ALA	0	0.110	-0.105	51.392	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
73	B	144	ALA	0	-0.080	0.114	51.257	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
74	B	145	ALA	0	0.090	-0.093	53.064	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
75	B	145	ALA	0	-0.094	0.100	54.551	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
76	B	146	ARG	0	0.070	-0.096	55.309	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
77	B	146	ARG	1	0.720	0.955	52.272	0.052	0.052	0.000	0.000	0.000	0.000
78	B	147	ALA	0	0.082	-0.103	55.881	0.003	0.003	0.000	0.000	0.000	0.000
79	B	147	ALA	0	-0.081	0.115	55.452	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
80	B	148	GLY	0	-0.009	-0.110	57.194	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
81	B	149	GLU	0	0.066	-0.007	59.014	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
82	B	149	GLU	-1	-0.912	-0.800	60.185	-0.037	-0.037	0.000	0.000	0.000	0.000
83	B	150	ALA	0	0.078	-0.095	60.681	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
84	B	150	ALA	0	-0.074	0.109	60.454	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
85	B	151	GLY	0	-0.002	-0.107	61.261	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
86	B	152	LYS	0	0.134	0.023	62.768	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
87	B	152	LYS	1	0.746	0.996	63.257	0.037	0.037	0.000	0.000	0.000	0.000
88	B	153	GLY	0	-0.028	-0.123	64.989	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
89	B	154	PHE	0	0.124	0.029	65.958	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
90	B	154	PHE	0	-0.096	0.080	65.587	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
91	B	155	MET	0	0.080	-0.101	66.870	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
92	B	155	MET	0	-0.103	0.082	65.384	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
93	B	156	ILE	0	0.091	-0.079	68.549	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
94	B	156	ILE	0	-0.096	0.094	68.925	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
95	B	157	VAL	0	0.122	-0.083	70.852	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
96	B	157	VAL	0	-0.080	0.105	70.294	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
97	B	158	ALA	0	0.101	-0.100	71.342	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
98	B	158	ALA	0	-0.083	0.105	70.743	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
99	B	159	ASN	0	0.101	-0.057	72.711	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
100	B	159	ASN	0	-0.153	0.040	73.381	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
101	B	160	GLU	0	0.099	-0.106	74.815	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
102	B	160	GLU	-1	-1.011	-0.850	76.176	-0.028	-0.028	0.000	0.000	0.000	0.000
103	B	161	VAL	0	0.074	-0.105	76.106	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
104	B	161	VAL	0	-0.073	0.103	75.394	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
105	B	162	GLN	0	0.161	-0.065	76.910	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
106	B	162	GLN	0	-0.140	0.073	76.698	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
107	B	163	ASN	0	0.073	-0.073	78.555	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
108	B	163	ASN	0	-0.110	0.071	78.097	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
109	B	164	LEU	0	0.131	-0.104	80.772	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
110	B	164	LEU	0	-0.057	0.125	79.890	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
111	B	165	SER	0	0.030	-0.084	81.578	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
112	B	165	SER	0	-0.065	0.060	80.495	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
113	B	166	ASN	0	0.079	-0.066	83.117	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
114	B	166	ASN	0	-0.166	0.032	81.909	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
115	B	167	GLU	0	0.098	-0.116	85.072	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
116	B	167	GLU	-1	-1.002	-0.834	85.838	-0.023	-0.023	0.000	0.000	0.000	0.000
117	B	168	THR	0	0.015	-0.108	86.231	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
118	B	168	THR	0	-0.056	0.065	85.520	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
119	B	169	ASN	0	0.136	-0.034	87.347	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
120	B	169	ASN	0	-0.139	0.055	87.542	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
121	B	170	GLU	0	0.089	-0.107	89.111	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
122	B	170	GLU	-1	-0.890	-0.771	89.804	-0.023	-0.023	0.000	0.000	0.000	0.000
123	B	171	VAL	0	0.057	-0.115	90.900	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
124	B	171	VAL	0	-0.058	0.120	91.013	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
125	B	172	THR	0	0.027	-0.099	91.875	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
126	B	172	THR	0	-0.062	0.057	90.977	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
127	B	173	LYS	0	0.072	-0.096	93.417	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
128	B	173	LYS	1	0.746	0.985	92.285	0.023	0.023	0.000	0.000	0.000	0.000
129	B	174	GLN	0	0.134	-0.085	95.377	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
130	B	174	GLN	0	-0.117	0.077	93.843	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
131	B	175	ILE	0	0.063	-0.083	96.607	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
132	B	175	ILE	0	-0.098	0.092	94.772	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
133	B	176	VAL	0	0.068	-0.101	97.764	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
134	B	176	VAL	0	-0.112	0.078	97.102	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
135	B	177	GLU	0	0.069	-0.129	99.549	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
136	B	177	GLU	-1	-1.046	-0.852	100.171	-0.019	-0.019	0.000	0.000	0.000	0.000
137	B	178	LYS	0	0.073	-0.114	101.241	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
138	B	178	LYS	1	0.762	0.995	100.678	0.017	0.017	0.000	0.000	0.000	0.000
139	B	179	ALA	0	0.122	-0.097	102.300	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
140	B	179	ALA	0	-0.080	0.112	102.162	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
141	B	180	ARG	0	0.024	-0.111	103.977	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
142	B	180	ARG	1	0.885	1.063	100.914	0.019	0.019	0.000	0.000	0.000	0.000
143	B	181	GLU	0	0.098	-0.095	106.028	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
144	B	181	GLU	-1	-0.852	-0.764	104.430	-0.017	-0.017	0.000	0.000	0.000	0.000
145	B	182	ILE	0	0.090	-0.061	106.935	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
146	B	182	ILE	0	-0.084	0.103	104.733	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
147	B	183	LEU	0	0.111	-0.079	108.351	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
148	B	183	LEU	0	-0.096	0.106	108.777	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
149	B	184	GLU	0	0.127	-0.094	110.253	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
150	B	184	GLU	-1	-0.936	-0.800	111.026	-0.015	-0.015	0.000	0.000	0.000	0.000
151	B	185	SER	0	0.003	-0.125	111.573	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
152	B	185	SER	0	-0.064	0.049	110.957	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
153	B	186	SER	0	0.031	-0.079	112.607	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
154	B	186	SER	0	-0.087	0.043	111.642	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
155	B	187	GLN	0	0.083	-0.061	114.258	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
156	B	187	GLN	0	-0.107	0.077	113.941	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
157	B	188	ARG	0	0.116	-0.071	116.180	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
158	B	188	ARG	1	0.750	0.993	114.984	0.014	0.014	0.000	0.000	0.000	0.000
159	B	189	SER	0	0.003	-0.101	117.325	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
160	B	189	SER	0	-0.088	0.040	117.159	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
161	B	190	LEU	0	0.007	-0.127	119.036	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
162	B	190	LEU	0	-0.094	0.091	118.657	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
163	B	191	GLU	0	-0.193	-0.174	121.473	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
164	B	191	GLU	-1	-0.851	-0.914	120.252	-0.013	-0.013	0.000	0.000	0.000	0.000

Top

Graph

Overview

Highlights

Data Search

Manual

Support

Interactive mode: IFIE and PIEDA for fragment #1(B:108:GLN)