FMO DATABASE

FMODB ID: QVY9Y

Calculation Name: 3LF7-A-Xray372

Preferred Name:

Target Type:

Ligand Name:

ligand 3-letter code:

PDB ID: 3LF7

Chain ID: A

ChEMBL ID:

UniProt ID: Q1W3Z7

Base Structure: X-ray

Registration Date: 2023-09-21

Reference: C. Watanabe, N. Tani, K. Kamisaka, T. Honma et al., Interaction energy analysis of Apo structure dataset on FMODB, To be published.

DOI:

IFIE MAP

IFIE Diagram

Modeling method

Optimization	MOE:Amber10:EHT
Restraint	OptAll
Protonation	MOE:Protonate 3D
Complement	MOE:Structure Preparation
Water	No
Procedure	Auto-FMO protocol ver. 2.20220422

FMO calculation

FMO method	FMO2-MP2/6-31G(d)
Fragmentation	Auto
Number of fragment	633
LigandCharge
Software	ABINIT-MP - Open Ver. 1 Rev. 22 / 20200603(SMP)

Total energy (hartree)

FMO2-HF: Electronic energy	-14409871.191534
FMO2-HF: Nuclear repulsion	14171957.643842
FMO2-HF: Total energy	-237913.547691
FMO2-MP2: Total energy	-238624.584616

3D Structure

Snapshot

Ligand structure

Ligand Interaction

Ligand binding energy

IFIE [kcal/mol]	PIEDA [kcal/mol]				Charge transfer value [e]
IFIE SUMIFIE SUM at MP2 level.	ESElectro static interaction energy.	EXExchange-repulsion energy.	CT+mixCharge transfer and mixing terms energy.	DI(MP2)Dispersion energy.	q(I=>J)Charge transfer value from I to J fragments.
N/A	N/A	N/A	N/A	N/A	N/A

Interactive mode: IFIE and PIEDA for fragment #1(A:21:TYR)

Summations of interaction energy for fragment #1(A:21:TYR)

IFIE [kcal/mol]	PIEDA [kcal/mol]				Charge transfer value [e]
IFIE SUMIFIE SUM at MP2 level.	ESElectro static interaction energy.	EXExchange-repulsion energy.	CT+mixCharge transfer and mixing terms energy.	DI(MP2)Dispersion energy.	q(I=>J)Charge transfer value from I to J fragments.
-28.126	-14.115	12.105	-8.429	-17.684	0.019

Interaction energy analysis for fragmet #1(A:21:TYR)

Snapshot

IFIE Diagram

Base fragment(s) of PIEDA/IFIE

Single fragment	Multi fragments
	Fragment list

Charge [e] FCHARGE : 0 / q_Mulliken : 0.011 / q_NPA : 0.007

Distance from base fragment(s) [Å]

Dist

Interaction energy by IFIE and PIEDA
[kcal/mol]

| Total | > | ES | > | EX | >
| CT+mix | > | DI(MP2) | >

Fragment charge [e]

FCHARGE q_Mulliken
q_NPA q(I=>J)

Residue

Res # RES

Sort

Graph Options

X Axis Label
Y Axis Max Y Axis Min
Display ES EX CT+mix DI(MP2)

frag_NumFragment number.	ChainChain species.	Res #Residue number.	RES3-letter code of amino acid residue, ligand and solvent molecule.	FCHARGEFormal charge [e].	q_MullikenFragment charge evaluated by Mulliken charge [e].	q_NPAFragment charge evaluated by natural population analysis(NPA) charge [e].	DISTDistance from Ligand [Å].	TotalIFIE at MP2 level [kcal/mol].	ESElectro static interaction energy by PIEDA [kcal/mol].	EXExchange-repulsion energy by PIEDA [kcal/mol].	CT+mixCharge transfer and mixing terms energy by PIEDA [kcal/mol].	DI(MP2)Dispersion energy by PIEDA [kcal/mol].	q(I=>J)Charge transfer value from I to J fragmens [e].
3	A	23	LEU	0	0.018	0.001	2.491	-3.721	1.854	4.460	-3.348	-6.687	0.008
4	A	24	ASP	-1	-0.866	-0.920	2.102	-7.034	-7.196	4.369	-1.165	-3.041	0.020
5	A	25	THR	0	0.026	-0.018	2.430	-9.907	-7.073	0.888	-1.892	-1.831	-0.025
6	A	26	THR	0	-0.060	-0.043	5.174	0.738	0.792	-0.001	-0.003	-0.049	0.000
7	A	27	ALA	0	-0.027	-0.014	3.402	0.585	0.832	0.005	-0.061	-0.191	0.000
8	A	28	PRO	0	-0.001	-0.013	4.727	-0.151	-0.099	-0.001	-0.011	-0.040	0.000
9	A	29	PRO	0	0.004	0.031	3.855	-2.465	-2.084	0.000	-0.096	-0.285	0.000
10	A	30	PRO	0	-0.028	-0.010	3.124	-2.101	-0.110	0.266	-0.662	-1.595	0.007
11	A	31	THR	0	0.010	-0.018	5.853	-0.315	-0.266	-0.001	0.000	-0.048	0.000
12	A	32	ASN	0	0.022	0.022	8.428	-0.241	-0.241	0.000	0.000	0.000	0.000
13	A	33	LEU	0	0.063	0.035	5.103	0.231	0.231	0.000	0.000	0.000	0.000
14	A	34	SER	0	0.005	0.008	7.233	-0.191	-0.191	0.000	0.000	0.000	0.000
15	A	35	THR	0	-0.111	-0.060	7.282	0.006	0.006	0.000	0.000	0.000	0.000
16	A	36	LEU	0	-0.028	0.001	2.378	-1.706	-0.469	1.026	-0.488	-1.775	0.003
17	A	37	PRO	0	0.012	0.002	4.800	0.174	0.266	-0.001	-0.005	-0.085	0.000
18	A	38	ASN	0	0.053	0.024	7.721	0.019	0.019	0.000	0.000	0.000	0.000
19	A	39	ASN	0	-0.024	-0.013	9.970	-0.090	-0.090	0.000	0.000	0.000	0.000
20	A	40	THR	0	-0.046	-0.034	3.910	-0.360	-0.174	0.001	-0.028	-0.159	0.000
21	A	41	LEU	0	0.014	-0.007	4.565	0.085	0.175	-0.001	-0.006	-0.083	0.000
22	A	42	PHE	0	-0.030	0.005	7.762	0.014	0.014	0.000	0.000	0.000	0.000
23	A	43	HIS	0	0.025	-0.006	10.722	0.024	0.024	0.000	0.000	0.000	0.000
24	A	44	LEU	0	-0.041	0.005	6.672	0.005	0.005	0.000	0.000	0.000	0.000
25	A	45	TRP	0	0.011	-0.017	9.149	0.024	0.024	0.000	0.000	0.000	0.000
26	A	46	ARG	1	0.842	0.946	13.453	0.126	0.126	0.000	0.000	0.000	0.000
27	A	47	PRO	0	-0.007	0.008	15.845	-0.021	-0.021	0.000	0.000	0.000	0.000
28	A	48	ARG	1	0.806	0.894	18.689	0.202	0.202	0.000	0.000	0.000	0.000
29	A	49	ALA	0	-0.024	-0.019	21.705	0.004	0.004	0.000	0.000	0.000	0.000
30	A	50	HIS	1	0.797	0.872	23.227	0.102	0.102	0.000	0.000	0.000	0.000
31	A	51	ILE	0	0.014	0.021	24.913	-0.004	-0.004	0.000	0.000	0.000	0.000
32	A	52	LEU	0	0.056	0.021	20.196	0.004	0.004	0.000	0.000	0.000	0.000
33	A	53	PRO	0	0.089	0.068	22.362	-0.007	-0.007	0.000	0.000	0.000	0.000
34	A	54	ALA	0	0.011	0.004	21.580	-0.007	-0.007	0.000	0.000	0.000	0.000
35	A	55	GLU	-1	-0.906	-0.967	18.847	-0.102	-0.102	0.000	0.000	0.000	0.000
36	A	56	GLY	0	0.033	0.017	18.686	0.009	0.009	0.000	0.000	0.000	0.000
37	A	57	GLN	0	-0.047	-0.023	20.002	-0.008	-0.008	0.000	0.000	0.000	0.000
38	A	58	ILE	0	0.006	0.008	21.715	-0.005	-0.005	0.000	0.000	0.000	0.000
39	A	59	GLY	0	0.018	0.014	24.585	0.005	0.005	0.000	0.000	0.000	0.000
40	A	60	ASP	-1	-0.768	-0.859	27.494	-0.019	-0.019	0.000	0.000	0.000	0.000
41	A	61	PRO	0	0.002	0.010	30.049	-0.002	-0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
42	A	62	CYS	0	-0.100	-0.056	32.106	0.004	0.004	0.000	0.000	0.000	0.000
43	A	63	ALA	0	-0.026	-0.021	35.500	-0.003	-0.003	0.000	0.000	0.000	0.000
44	A	64	HIS	0	0.045	0.040	33.507	-0.002	-0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
45	A	65	TYR	0	-0.065	-0.047	38.426	0.004	0.004	0.000	0.000	0.000	0.000
46	A	66	THR	0	0.020	0.022	40.743	-0.003	-0.003	0.000	0.000	0.000	0.000
47	A	67	ASP	-1	-0.783	-0.874	43.012	-0.035	-0.035	0.000	0.000	0.000	0.000
48	A	68	PRO	0	-0.019	-0.018	44.635	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
49	A	69	SER	0	-0.083	-0.037	47.115	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
50	A	70	THR	0	-0.080	-0.071	43.951	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
51	A	71	GLY	0	0.008	0.016	45.368	-0.002	-0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
52	A	72	LEU	0	0.002	0.003	39.646	-0.002	-0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
53	A	73	PHE	0	-0.004	0.001	36.901	0.003	0.003	0.000	0.000	0.000	0.000
54	A	74	HIS	0	-0.012	-0.006	36.963	-0.004	-0.004	0.000	0.000	0.000	0.000
55	A	75	VAL	0	0.007	-0.008	32.007	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
56	A	76	GLY	0	0.051	0.023	32.940	-0.002	-0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
57	A	77	PHE	0	0.006	-0.020	27.009	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
58	A	78	LEU	0	-0.009	0.018	29.683	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
59	A	79	HIS	1	0.784	0.890	22.901	0.049	0.049	0.000	0.000	0.000	0.000
60	A	80	ASP	-1	-0.859	-0.935	23.062	-0.041	-0.041	0.000	0.000	0.000	0.000
61	A	81	GLY	0	0.000	0.009	25.480	0.005	0.005	0.000	0.000	0.000	0.000
62	A	82	ASP	-1	-0.894	-0.936	28.616	-0.014	-0.014	0.000	0.000	0.000	0.000
63	A	83	GLY	0	-0.005	-0.012	30.639	-0.002	-0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
64	A	84	ILE	0	-0.029	-0.012	31.098	-0.002	-0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
65	A	85	ALA	0	0.004	0.014	29.151	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
66	A	86	GLY	0	0.036	0.010	31.251	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
67	A	87	ALA	0	0.003	0.022	30.384	-0.005	-0.005	0.000	0.000	0.000	0.000
68	A	88	THR	0	-0.038	-0.004	32.526	0.004	0.004	0.000	0.000	0.000	0.000
69	A	89	THR	0	0.026	-0.010	33.931	-0.004	-0.004	0.000	0.000	0.000	0.000
70	A	90	ALA	0	0.022	-0.002	35.970	0.004	0.004	0.000	0.000	0.000	0.000
71	A	91	ASN	0	-0.012	-0.009	35.210	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
72	A	92	LEU	0	0.046	0.031	35.135	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
73	A	93	ALA	0	-0.004	0.025	32.562	-0.002	-0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
74	A	94	THR	0	0.009	0.007	30.704	-0.005	-0.005	0.000	0.000	0.000	0.000
75	A	95	TYR	0	-0.042	-0.012	29.481	0.009	0.009	0.000	0.000	0.000	0.000
76	A	96	THR	0	-0.013	-0.020	30.113	-0.005	-0.005	0.000	0.000	0.000	0.000
77	A	97	ASP	-1	-0.812	-0.880	27.526	-0.080	-0.080	0.000	0.000	0.000	0.000
78	A	98	THR	0	-0.029	-0.004	30.709	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
79	A	99	SER	0	-0.034	-0.030	31.814	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
80	A	100	ASP	-1	-0.876	-0.943	28.592	-0.071	-0.071	0.000	0.000	0.000	0.000
81	A	101	ASN	0	-0.072	-0.038	26.939	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
82	A	102	GLY	0	0.056	0.030	26.036	0.006	0.006	0.000	0.000	0.000	0.000
83	A	103	SER	0	-0.024	-0.025	27.019	0.003	0.003	0.000	0.000	0.000	0.000
84	A	104	PHE	0	0.017	0.001	27.467	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
85	A	105	LEU	0	-0.044	-0.009	32.043	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
86	A	106	ILE	0	-0.040	-0.039	35.005	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
87	A	107	GLN	0	-0.011	0.010	31.938	-0.002	-0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
88	A	108	PRO	0	0.028	0.027	33.936	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
89	A	109	GLY	0	-0.023	-0.007	36.949	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
90	A	110	GLY	0	-0.042	-0.025	39.073	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
91	A	111	LYS	1	0.785	0.845	42.516	0.007	0.007	0.000	0.000	0.000	0.000
92	A	112	ASN	0	0.020	-0.004	44.630	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
93	A	113	ASP	-1	-0.772	-0.845	39.393	-0.009	-0.009	0.000	0.000	0.000	0.000
94	A	114	PRO	0	-0.048	-0.005	39.272	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
95	A	115	VAL	0	-0.055	-0.019	36.621	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
96	A	116	ALA	0	0.036	0.005	34.705	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
97	A	117	VAL	0	-0.027	-0.007	35.107	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
98	A	118	PHE	0	0.010	0.004	34.274	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
99	A	119	ASH	0	0.007	-0.045	34.556	-0.002	-0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
100	A	120	GLY	0	0.043	0.009	36.863	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
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102	A	122	VAL	0	-0.009	0.005	40.967	0.002	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
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143	A	163	ASP	-1	-0.877	-0.934	39.879	-0.044	-0.044	0.000	0.000	0.000	0.000
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148	A	168	PHE	0	0.014	0.003	38.944	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
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153	A	173	GLN	0	-0.090	-0.055	49.626	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
154	A	174	GLY	0	0.036	0.027	49.363	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
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162	A	182	PHE	0	0.021	0.004	53.153	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
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165	A	185	ASP	-1	-0.920	-0.964	49.179	0.010	0.010	0.000	0.000	0.000	0.000
166	A	186	VAL	0	-0.025	-0.011	45.832	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
167	A	187	THR	0	-0.036	-0.025	42.555	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
168	A	188	ALA	0	-0.040	-0.023	40.633	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
169	A	189	PHE	0	-0.020	-0.019	42.484	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
170	A	190	ARG	1	0.819	0.902	36.591	-0.002	-0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
171	A	191	ASP	-1	-0.783	-0.896	37.802	-0.010	-0.010	0.000	0.000	0.000	0.000
172	A	192	PRO	0	-0.050	-0.005	40.256	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
173	A	193	PHE	0	0.005	0.010	41.207	-0.002	-0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
174	A	194	VAL	0	-0.044	-0.026	43.809	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
175	A	195	PHE	0	-0.014	-0.018	46.225	-0.002	-0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
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177	A	197	SER	0	0.012	0.001	51.942	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
178	A	198	ALA	0	0.033	0.033	54.498	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
179	A	199	ARG	1	0.824	0.865	56.331	0.017	0.017	0.000	0.000	0.000	0.000
180	A	200	LEU	0	-0.014	-0.003	52.954	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
181	A	201	ASP	-1	-0.724	-0.843	57.504	-0.015	-0.015	0.000	0.000	0.000	0.000
182	A	202	VAL	0	-0.044	0.010	59.944	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
183	A	203	LEU	0	-0.010	-0.006	58.982	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
184	A	204	LEU	0	-0.048	-0.008	58.082	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
185	A	205	SER	0	-0.116	-0.084	62.539	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
186	A	206	LEU	0	-0.034	-0.003	65.608	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
187	A	207	ASP	-1	-0.922	-0.963	67.683	-0.009	-0.009	0.000	0.000	0.000	0.000
188	A	208	GLU	-1	-0.855	-0.922	67.370	-0.008	-0.008	0.000	0.000	0.000	0.000
189	A	209	GLU	-1	-0.920	-0.958	68.301	-0.008	-0.008	0.000	0.000	0.000	0.000
190	A	210	VAL	0	-0.051	-0.032	69.856	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
191	A	211	ALA	0	0.028	0.009	65.147	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
192	A	212	ARG	1	0.775	0.871	64.670	0.008	0.008	0.000	0.000	0.000	0.000
193	A	213	ASN	0	-0.111	-0.054	67.411	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
194	A	214	GLU	-1	-0.719	-0.840	62.050	-0.015	-0.015	0.000	0.000	0.000	0.000
195	A	215	THR	0	-0.050	-0.016	65.704	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
196	A	216	ALA	0	-0.004	-0.011	68.077	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
197	A	217	VAL	0	0.027	0.023	62.641	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
198	A	218	GLN	0	-0.008	-0.018	61.467	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
199	A	219	GLN	0	-0.035	-0.028	64.631	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
200	A	220	ALA	0	-0.037	-0.007	65.701	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
201	A	221	VAL	0	0.006	0.009	59.953	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
202	A	222	ASP	-1	-0.857	-0.918	62.026	-0.020	-0.020	0.000	0.000	0.000	0.000
203	A	223	GLY	0	-0.082	-0.038	64.116	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
204	A	224	TRP	0	-0.048	-0.028	54.769	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
205	A	225	THR	0	-0.056	-0.038	60.082	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
206	A	226	GLU	-1	-0.800	-0.890	52.718	-0.024	-0.024	0.000	0.000	0.000	0.000
207	A	227	LYS	1	0.948	0.970	56.171	0.024	0.024	0.000	0.000	0.000	0.000
208	A	228	ASN	0	-0.074	-0.039	57.006	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
209	A	229	ALA	0	0.074	0.060	56.265	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
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285	A	305	ASP	-1	-0.787	-0.873	48.384	-0.026	-0.026	0.000	0.000	0.000	0.000
286	A	306	PRO	0	-0.035	-0.015	50.986	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
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306	A	326	PRO	0	-0.021	-0.026	35.872	-0.002	-0.002	0.000	0.000	0.000	0.000
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308	A	328	VAL	0	0.012	0.029	30.692	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
309	A	329	SER	0	-0.016	-0.029	32.188	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
310	A	330	SER	0	-0.001	-0.006	30.886	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
311	A	331	ILE	0	-0.031	-0.006	31.230	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
312	A	332	HIS	1	0.894	0.944	30.200	-0.003	-0.003	0.000	0.000	0.000	0.000
313	A	333	ASP	-1	-0.783	-0.868	32.529	-0.010	-0.010	0.000	0.000	0.000	0.000
314	A	334	MET	0	-0.005	0.012	32.783	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
315	A	335	LEU	0	-0.025	0.002	35.074	-0.004	-0.004	0.000	0.000	0.000	0.000
316	A	336	TRP	0	0.001	-0.014	38.683	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
317	A	337	ALA	0	0.028	0.003	41.502	0.001	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
318	A	338	ALA	0	0.013	0.009	45.268	-0.001	-0.001	0.000	0.000	0.000	0.000
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323	A	343	VAL	0	-0.023	-0.021	59.306	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
324	A	344	GLY	0	0.010	0.015	60.562	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
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633	A	653	ARG	1	0.697	0.830	23.294	0.091	0.091	0.000	0.000	0.000	0.000

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